スペシャルステージである制御塔は、5階からスタートします。
◆制御塔5F-6F

■5F：スタート地点のすぐそばにギブルスが2匹降ってきます。レーザーセンサーもあるので要注意。
出現エネミー：ギブルス×2、メリカロル×2、ギ・グー×1
エネミーは■→★▲（上記MAP参照）の順に出現。
■6F：このフロアに出現するのはイルギル1匹のみ。突っ込んで来る前に動きを封じて倒しましょう。
出現エネミー：イルギル×1

↑25番目のWISは5Fの入口付近に、26番目は6Fにあり。そのフロアの敵を掃討しないと出現しないので注意。

◆制御塔7F-8F

■7F：エネミーはデルリリー1匹のみ。メギドを吐く前に倒せば問題ありませんね。WIS起動の際に、ジャフトに閉じ込められない様に注意。
出現エネミー：デルリリー×1
■8F：スペシャルステージ最大の難所。最初に出現する3色の大花は左端に寄って攻撃するのが良いかと思われますが、即死弾が届いてしまうので、刺激する前に倒すのがベスト。
出現エネミー：メリカロル×2、メリクル×1、メリキュス×1、ギ・グー×1、ギブルス×1、デルリリー×2
エネミーは★→▲→●→■（上記MAP参照）の順に出現。

↑27番目は7階に。ジャフトの真上にあるので、閉じ込められないよう注意。28番目は8Fの回復装置の奥にあり。

◆制御塔9F-10F

■9F：フロア全体が壁とレーザーフェンスによって分けられており、一方通行のワープ装置で移動します。
9Fに入ったらすぐに左側に寄って（上記MAPの「w4'」の辺り）、長射程の武器でイルギルを倒すのが安全でしょう。
出現エネミー：イルギル×2
■10F：イプシロンのレーザー誘導ラフォイエ攻撃の回数が通常よりも多いので注意。9FのWIS回収は誰か一人に任せ、
残るメンバーで先行し、イプシロンと戦うのが良いでしょう。
出現エネミー：イプシロン×1

↑29番目は9Fのレーザーフェンスで閉ざされた場所に、そして最後の30番目は最上階にあります。

↑スペシャルステージをクリアすると、再びプラント下層へ。そして、実験体廃棄場への扉が開きます。